Niebla ha tenido una gran importancia en Andalucía, con gran peso en su historia a través del establecimiento de distintos pueblos y culturas. Fruto del paso de estos pueblos, Niebla ha recibido numerosos nombres: los tartessos la llamaron Ilípula, los romanos Ilipla, los visigodos Elepla, los musulmanes Lebla y los castellanos Niebla.

Niebla se puede considerar la capital histórico-cultural de esta zona peninsular, si bien a lo largo de los últimos siglos perdió gran parte de su relevancia. Su antigüedad se remonta hasta los comienzos de la Edad del Hierro, apareciendo en sus alrededores numerosos restos neolíticos y necrópolis dolménicas (Dolmen de Soto y Dólmenes de la Hueca). Durante la cultura tartésica se mantuvo un rico comercio. Con el pueblo fenicio fue importante por la riqueza minera de sus alrededores y por sus facilidades de comunicación, a través del río Tinto, entonces navegable hasta las mismas puertas de la ciudad.

En la época romana pasaba por Niebla la calzada que unía la desembocadura del río Guadiana con Itálica. Por su importancia económica, política y administrativa en ese momento, ganó el derecho de acuñar monedas y sus murallas tartésicas fueron reforzadas y ampliadas. Posteriormente, durante la dominación visigoda, fue una ciudad de gran prestigio civil y militar, y llegó a constituirse en importante sede episcopal.

En el año 713 fue ocupada por los musulmanes, pasando a ser una de sus kuras (unidad administrativa similar a la provincia). Fue reino de taifa independiente en la época posterior a la desintegración del califato de Córdoba (1031) y finalmente sometida por los almorávides y almohades. Antes de su conquista por los castellanos volvió a ser taifa bajo Ibn Mahfot, extendiendo sus dominios a gran parte del Algarve portugués. En 1262, tras un asedio de nueve meses, Alfonso X el Sabio conquista y somete la ciudad. En el asedio se utilizó por primera vez en Occidente la pólvora con fines bélicos, al emplearse para accionar unos primitivos cañones. Después de tomar la ciudad el rey mandó expulsar a todos los musulmanes. Posteriormente Alfonso X le concedió un Fuero Real con el fin de obligar a su repoblación cristiana, y en 1369 pasó a ser Condado de Niebla a favor de la Casa de los Guzmanes, hecho que propició su segunda etapa dorada, con la construcción de templos, palacios y el asentamiento de órdenes religiosas.

A partir del siglo XVII, Niebla comenzó un paulatino proceso de decadencia y de descenso en su población, provocado por el caciquismo y despotismo feudal al que eran sometidos los ciudadanos de aquella época. Al mismo tiempo crecían los municipios y pedanías aledañas, auspiciados por estos condes que posteriormente independizaban. El Terremoto de Lisboa de 1755, que tan gravemente afectó al oeste andaluz, arruinó gran parte del patrimonio de la ciudad y puso un punto y aparte en su riqueza histórica y artística.

En 1982, fue declarada Conjunto Monumental Histórico-Artístico.